Malargüe se caracteriza por contar con un clima templado y árido, con matices patagónicos al sur, desérticos al este y de alta montaña hacia el oeste. Estas características hacen que la amplitud térmica se encuentre presente en todas las estaciones del año, esto se evidencia en los registros de temperatura máximas y mínimas de la época invernal y estival. En invierno la temperatura mínima registrada ha llegado a -23.5°C y la máxima a28.3 °C. En verano la temperatura máxima ha alcanzado los 36.5 °C y la mínima 0.5°C. La temperatura media anual ha ascendido hasta los 13 grados en las últimas décadas, templando el clima la mayor parte del año.

Las precipitaciones se encuentran presentes principalmente en primavera y otoño en forma de lluvia y nieve en invierno. En las últimas décadas las precipitaciones pluviales han tenido un notable incremento, mientras que las níveas han disminuido.

El viento zonda es el más común en Malargüe, puede estar presente en cualquier época del año, pero es más frecuente en invierno y su velocidad se incrementa notablemente.

Durante todo el año, especialmente en la época estival, la radiación solar es muy elevada por lo que se recomienda el uso permanente de protector solar, beber agua de forma constante para evitar la deshidratación y evitar la exposición en las horas de mayor radiación solar en verano.