La caverna se encuentra sobre una formación jurásica de rocas calcáreas de origen marino. En los alrededores de la entrada se encuentran estratos expuestos con evidencia fósil de moluscos gasterópodos, especies dominantes en el jurásico y en cretácico. ​Las formas de las diversas galerías de la caverna se formaron por la acción del agua sobre rocas calcáreas, que ha erosionado profundas galerías subterráneas y creado, mediante el depósito de los materiales salinos en estado de disolución, diversas formas muy singulares de estalactitas, estalagmitas, velos, columnas, formaciones coralinas, etc. Algunos de los sitios que el turista visita son la Sala de la Virgen, La Gatera, La Sala de la Estalagmita Gigante y Sala de los Encuentros.