Malargüe é caracterizada por um clima temperado e árido, com nuances patagônicas ao sul, desértico ao leste e altas montanhas ao oeste. Essas características fazem com que as amplitudes térmicas estejam presentes em todas as estações, como evidenciado pelos registros de temperaturas máximas e mínimas no inverno e no verão. No inverno, a temperatura mínima registrada chega a -23,5°C e a máxima a 28,3°C. No verão a temperatura máxima chega a 36,5°C e a mínima a 0,5°C. A temperatura média anual aumentou para 13 graus nas últimas décadas, tornando o clima mais ameno durante a maior parte do ano.

A precipitação ocorre principalmente na primavera e no outono na forma de chuva e neve no inverno. Nas últimas décadas, a precipitação aumentou significativamente, enquanto a queda de neve diminuiu.

O vento Zonda é o vento mais comum em Malargüe. Pode estar presente em qualquer época do ano, mas é mais frequente no inverno e sua velocidade aumenta significativamente.

Durante todo o ano, especialmente no verão, a radiação solar é muito alta, por isso é recomendável usar protetor solar constantemente, beber água regularmente para evitar a desidratação e evitar a exposição durante os horários de pico do verão.